故事开始于公元24世纪。长期与星际联邦为敌的罗慕伦帝国在未来由一个叫“Nero”（艾里克•巴纳）的罗慕伦人领导，身背家仇国恨的他派人回到过去刺杀罗慕伦人最大的威胁、星际联邦的得力干将——詹姆斯•寇克船长（James T. Kirk）。“尖耳朵”史波克（莱昂纳德•尼莫伊）得知了这一消息，也回到了过去以保护自己的好朋友詹姆斯•寇克，不过那时寇克（克里斯•潘）还只是星舰学院的一名学生。在这里年轻时的史波克（扎克瑞•昆图）与年老的史波克相逢了。老年史波克告诉年轻史波克Nero派人刺杀年轻时代寇克的计划，于是他们共同保护起詹姆斯•寇克——未来的寇克船长的安全，以防止星际联邦和星舰的历史被改写。在星航学院中，你要接受一系列的训练，让你成为优质的星际旅行者！本游戏英文原名：Star Trek Academy Trainer